Beethoven verliebt sich in die Bernhardinerhündin Missy, die er bei einem Eisstand kennen lernt. Zusammen mit Missys nettem Herrchen essen sie ein Eis. Aber da taucht Regina, die (Cruella-da-Vil-hafte) Exfrau von Missys Herrchen auf, die Missy nur gegen Kaution ihrem Exmann, zurückgeben will. In der Zwischenzeit lässt sie Missy von ihrem neuen Liebhaber Floyd wieder zu sich nach Hause bringen. Der verliebte Beethoven verfolgt sie bis zur Wohnung und trifft sich dort im Keller oft mit ihr. Die beiden bekommen vier Hundebabys, welche Regina zunächst ertränken, aber dann verkaufen will. Ted und Emily belauschen sie und beschließen, die Welpen heimlich im Keller zu verstecken. Zusammen mit Ryce schlagen sie sich die Nächte um die Ohren um die Welpen zu füttern. Als George Newton die Hundebabys entdeckt, ist er zunächst wenig begeistert, vier weitere Bernhardiner zu halten, zudem hat die Familie auch große Geldprobleme.

Im Kompromiss mit seinen Kindern erlaubt er ihnen jedoch, die Hunde noch eine Weile zu behalten. Während eines Urlaubs in den Bergen treffen die Kinder abermals auf Regina, welche ihnen die Hundebabys entwendet. Gleichzeitig befreit Beethoven, der seine Hundedame lange Zeit vermisst hat, Missy aus dem Auto Reginas. Zusammen reißen sie aus.

Regina und Floyd lassen die Welpen die Spur ihrer Eltern aufnehmen, um ihnen zu folgen. Auch die Familie Newton ist unterwegs, um Beethoven und die Hundebabys vor Regina zu retten. So laufen sie alle den Berg hinauf: zuerst Beethoven und Missy, dann die Welpen, denen Regina und Floyd auf dem Fuß folgen und zuletzt die Familie Newton.

Auf dem Gipfel geraten sie dann aneinander, Floyd droht, die Welpen in den Fluss zu werfen, was George Newton aber nicht zulässt. Dafür stürzen aber Floyd und Regina hinunter. Letzten Endes verliert Regina den Prozess gegen ihren Mann, der Missy nun ohne Bezahlung von 50.000$ behalten darf. Die Familie Newton kann sich von ihren Geldproblemen befreien und darf das Haus behalten. In der Abschluss-Szene besuchen Missy und ihr Herrchen die Familie Newton, bei denen immer noch die inzwischen ausgewachsenen Hunde leben.

In dem Film spielt die Liebe eine zentrale Rolle. Beethoven verliebt sich in Missy. Ryce verguckt sich in den Womanizer Taylor Deveraux, der jedoch mehr von ihr will, als nur Küssen. Während des Urlaubs lernt sie den netten Jungen Seth kennen, welcher sie am Ende des Films zum Konzert abholt. Ted verliebt sich ebenfalls in ein Mädchen, welche ihm zunächst einen Korb gibt, sich später jedoch auf eine Cola einladen lässt.